Los coagulantes vegetales son extractos de plantas que contienen una mezcla de enzimas proteolíticas y contribuyen a las características únicas del queso. Los coagulantes vegetales son principalmente utilizados en productos donde se desean unos aromas y consistencia específico, o en regiones remotas donde no hay disponibles otros coagulantes. Los coagulantes vegetales incluyen:

* Extractos de la flor del Cardo (Cynara cardunculus) utilizado en España y Portugal para la producción de algunos quesos con DOP (Denominación de Origen Protegida). Debido a su alta actividad proteolítica de las enzimas, estos quesos son a menudo blandos o semi-líquidos y pueden ser servidos con cuchara. El perfil de aroma es fuerte con algo de amargor.

* Extractos de la planta Calotropis procera, utilizados en Ghana para la produción de Wara o Wagashi. Estos quesos tienen una textura dura y un alto punto de fusión, adecuados para gratinar. La coagulación tiene lugar a alta temperatura (hasta  95°C), por lo que la desnaturalización de proteínas contribuye a la textura dura del queso